Bonjour,
Une bobine peut éventuellement ne pas fonctionner à chaud, alors qu'à froid il n'y a pas de problème (dilatation des matériaux et rupture d'un fil électrique). Il n'y a pas de mauvais fonctionnement d'une bobine : donc soit ça marche au démarrage, soit pas du tout, soit après mise en température.
Pour les bougie, cela peut éventuellement avoir un effet sur le fonctionnement moteur si les bougies sont usées, mais pas forcément à froid et cela n'a rien à voir avec le fait de freiner. On peut les changer pour s'en assurer car ce n'est pas un poste très cher (si les bougies ne sont pas estempillées Mercedes !).
Lorsqu'on appuit sur les freins, on sollicite le système de freinage, donc l'ABS et l'assistance : cette derniere utilise la dépression dans le conduit d'admission et cela est normalement sans effet sur le fonctionnement moteur puisque le circuit est fermé (comprendre "étanche"). On peut parfois entendre une légère modification de régime moteur. Donc si le circuit est défaillant, donc avec création d'une fuite sur l'admission lors de l'appuie sur la pédale de frein, cela pourrait influencer le fonctionnement moteur. A froid, le moteur est plus sensible à une prise d'air, donc ce pourrait être une explication. Il faudrait donc rechercher une fuite sur le mastervac (assistance au freinage sur le maitre-cylindre).
Sinon, regarder la consommation électrique lors du freinage pour voir s'il ne se crée pas une surconsommation tellement importante que l'alternateur doive compenser et donc charger exagérément le moteur, jusqu'à le faire "trembler". Mais on devrait avoir le pb à froid comme à chaud.
La mise en température de votre moteur me semble bien longue (1h - 1h30) : ce doit être bien plus rapide que cela, au moins pour l'eau, on devrait plutôt être dans le 10 minutes...
Bon courage.
Cordialement.